本发明涉及一种基于ADRC频率控制的多输出微创手术系统，包括控制系统和微创刀具系统，所述控制系统包括通过光耦相互连接的隔离模块和控制模块；所述微创刀具系统包括微创刀具和ADRC频率控制机构，所述微创刀具为超声微创刀具或射频微创刀具，所述控制系统还包括测量电路，所述测量电路包括位于所述控制模块内的一次侧测量电路和位于所述隔离模块内的二次侧测量电路。本发明通过内部机构设置实现手术系统内部自健康管理和隔离通信，提升微创手术刀具输出频率的稳定性和操作安全性能，避免微创刀具在使用过程中因外部输出误差导致的操作事故，同时避免更换微创刀具后系统非及时响应导致的输出事故。