本发明提供一种聚焦超声消融系统以及控制方法，聚焦超声消融系统包括第一超声发射装置、第二超声发射装置和数据采集装置；第一超声发射装置包括第一控制单元第一驱动单元和第一功率发生单元、第一治疗头和第一超声换能器；第二超声发射装置包括第二控制单元第二驱动单元和第二功率发生单元、第二治疗头和第二超声换能器；数据采集装置包括存储模块、与存储模块连接的图像采集模块和声信号接收模块；本发明通过第一超声换能器和第二超声换能器向目标组织发射超声波对目标组织的病灶区域进行消融处理实时获得病灶区域的图像的灰度变化；根据实时的病灶区域的图像的灰度变化和实际消融面积对各个超声换能器的参数实时改变可以提高治疗效率及安全性。