本发明公开了一种光谱信号去噪方法及其系统，其中，将一维离散光谱信号进行奇异值分解，再将每一奇异值重构求得的信号分量进行快速傅里叶变换，获取每个奇异值分量信号快速傅里叶变换结果中振幅最大所对应的频率值，再按照奇异值递减方式对相应分量信号频率值进行一阶滞后差分，得到主频差分谱，最后设定差分阈值选择主频差分谱中第一个不小于差分阈值的位置作为奇异值有效阶次，将其余奇异值置零，利用奇异值分解的逆过程得到重构矩阵，再经过反演得到降噪后信号。本发明通过上述方法可以准确地选择出奇异值阶次重构信号，提高去噪效果。