本发明公开了一种近红外光谱的净信号提取方法及其系统，涉及近红外光谱技术领域。本发明包括如下步骤：采集样本，获取样本近红外光谱原始数据；使用化学检测方法检测感兴趣的分析物的含量，将其作为响应变量；将不同的光谱预处理方法以及不同的光谱预处理方法之间的结合应用到原始光谱数据上，并使用十折交叉检验找出最优预处理方案，使用LASSO算法挑选出与响应变量相关的波段。本发明通过提取近红外光谱的净分析信号减少偏最小二乘法最佳模型中的主成分个数，简化模型复杂度的同时提高模型准确度和鲁棒性，预处理方案的引入改变了近红外光谱扰动的方向，使得光谱扰动在净信号方向的投影减少。