本发明公开一种稻麦轮作农田涝渍预警评估方法及系统。该方法包括：获取历史气象数据；根据所述历史气象数据采用机器学习法，建立降雨量数学模型；获取未来设定天数的降雨量数据；根据所述降雨量数据和所述降雨量数学模型，预测未来田间地面水深或地下水位；获取水稻各生育期的允许淹水深度和麦季允许最高地下水位；判断所述地面水深是否超过所述允许淹水深度或地下水位是否超过允许最高地下水位；若是，则发布预警信息，并计算水稻或小麦的减产率；根据所述减产率，评估涝渍灾害；若否，则不发布预警信息。通过本发明的方法或系统能够提高农业灾害预报预警的能力和更好地对涝渍灾害进行准确的评估。