本发明提供一种基于同轴双波导光纤的微流芯片细胞分选器。其特征是：由激光器(1、2、9)、声光调制器3、同轴双波导光纤连接器4和11、同轴双波导光纤5和8、微流芯片6、微位移台7、拉曼光谱仪10、微处理器12、物镜13、CCD14和显示器15组成。同轴双波导光纤5的环形芯用于捕获细胞，对于捕获的细胞，同轴双波导光纤8的环形芯激发细胞的拉曼光谱，中间芯接收拉曼光谱信号；拉曼光谱仪10将接收到的拉曼光谱数据发送到微处理器12，微处理器12根据不同的拉曼光谱控制声光调制器3改变同轴双波导光纤5中间芯辐射的光场强度，从而实现细胞的分选。本发明对于捕获的细胞，可以任意挑选并使其流向指定的微流通道，可广泛用于细胞分选、分析等领域。