本发明公开了基于启发式大系统分解协调思想的水资源配置方法，以天然河道拓扑结构为依据，以计算单元个数为循环，逐时段对各个计算单元进行水资源配置；以各子系统缺水量为启发信息，考虑河道的最大可补充量及计算单元内供水能力，处理完缺水的计算单元后，再进行河道内断面生态流量的补偿调度；遵循地下水补充配置需同时考虑各时段地下水提水能力约束和年总量控制，以子系统缺水量和区域地下水用水量为启发信息，将地下水用量进行配置。本发明提出的水资源配置方法计算速度快、计算效率高。通过模拟模型和与实际运行规则相结合，能够较好地处理配置问题的相关约束，比启发式智能算法的随机寻优策略更加贴合实际，具有较好的工程实用价值。