本发明公开了一种基于电容投切的户变关系识别方法及系统。本发明的方法包括以下步骤：步骤一，分析实际电网中投切电容方式产生电流信号的特点；步骤二，根据电网负荷电流特征确定采样频率和投切频点；步骤三，投切信号的生成及占空比确定；步骤四，投切信号编码，确定发送特征码；步骤五，通过去负荷的方式进行噪声处理和信号增强；步骤六，对变压器二次侧电流实时采样分析，通过对投切频点信号进行傅里叶分析匹配特征码，确定户变关系；根据三相电流大小，确定所属相位。采用本发明进行户变识别，通过去负荷处理能有效较弱噪声干扰、增强特征频点强度，具有识别效果好、投切电流小、操作简单、发热少、体积小、易于小型化实现的优点。