本发明公开了一种基于电阻投切和频域分析的户变关系识别方法及系统。本发明户变关系识别方法采用的技术方案包括：步骤一，以电阻投切的方式，通过开关管周期通断，在电网中产生特定频率的电流信号；步骤二，实时检测变压器二次侧的电流信号；步骤三，采用滑动DFT算法，提取特定频率的电流信号；步骤四，解码，通过比较解码码段与投切发送码段确定户变关系，通过比较三相投切谐波电流大小确定相位。本发明以电阻投切的方式在电网中产生一定规律的电流信号，通过在变压器二次侧检测该规律信号有无确定户变关系；本发明实现简单、识别准确、电网友好，只需要投切很小的电流就能通过频域识别确定户变关系，不影响用户设备。