本发明涉及一种高速公路混合交通流汇流协同优化底层控制方法，属于交通工程领域。该方法包括：确定微观跟驰模型；预测车辆初始轨迹；建立汇流模型；拟制协同控制策略集；判断车辆是否可以顺利完成汇流；若判断结果为车辆可以顺利完成汇流，则车辆继续遵从微观跟驰模型的速度行驶；若判断结果为车辆无法顺利完成汇流，则需进一步判断车辆在汇流过程中出现的具体情况，并据此做出对应的协同控制策略；依据所做出的协同控制策略对目标车辆的行驶轨迹进行优化，得到关于目标车辆的协同优化控制策略，并将其作用于目标车辆，控制目标车辆的运行。通过本发明方法可以使车辆以较高的速度平稳运行，进而提高高速公路匝道在汇流区域的车辆通行能力。