本发明涉及一种基于指纹识别的身份认证方法，用户访问云端时首先提交登录申请，并将所需的认证密文和第一密钥发送到云端的认证服务器；当认证服务器接收到当前用户的认证密文和第一密钥后，通过解密和解码得到用户ID，并通过用户ID提取指纹特征模板；认证服务器将当前用户指纹特征值与用户ID对应的指纹特征模板进行匹配，从而判断用户身份；认证成功后，根据认证时限值对用户本次云端登录和通信进行认证监控。本发明还涉及一种基于指纹识别的身份认证系统。利用上述方法和系统，加强用户端与云端之间数据传输的机密性，并且每次认证过程中用于加密指纹信息的第一密钥中的数据均是动态随机生成的，从而保证传输的指纹信息不会泄露。