一种机组启停机过程中不受频率影响的保护方法，包括以下步骤：步骤1：保护装置用固定采样频率采集启停机保护相关模拟量的采样瞬时值，所述相关模拟量包括机端侧三相电流、中性点侧三相电流、中性点侧零序电压；步骤2：保护装置根据并网断路器的位置、机端相间电压、频率、机端电流、SFC触点位置等条件判别是否投入所述启停机保护；步骤3：在所述启停机保护投入的前提下，分别采用热累积判据逻辑和采样值判据逻辑判别是否满足保护动作条件；步骤4：当步骤3中任一判据满足保护动作条件时，保护动作。该方法与信号频率完全无关，将该方法用于启停机差动保护、启停机零压保护、低频过流保护，能够实现保护在变频启停机过程中可靠快速地动作。