本发明公开了一种基于多要素过程自然属性的径流影响因素确定方法及系统，其中方法包括获取研究时段范围内，研究流域的径流时间序列和研究流域所处环境的多个气候因子时间序列；根据径流时间序列和气候因子时间序列，分别确定径流的变化趋势及突变点和每个气候因子的变化趋势及突变点；根据径流的变化趋势及突变点和每个气候因子的变化趋势及突变点，确定影响研究流域径流的气候因子。本发明结合变化趋势和突变点两方面特征确定影响径流的气候因子，方法简单，且可以快速得到精确的影响径流的主要气候影响因子信息，对研究流域的水资源利用和生态环境保护具有重大意义。