本发明公开了一种适用于酸性农田土壤中重金属污染土壤修复剂，其是以待播种的农作物种子为核，以重金属污染土壤修复剂作为种衣，重金属污染土壤修复剂种衣层包括农作物废弃物发酵层、黏土矿物层和吸水高分子层，其中，农作物废物发酵层与种皮接触，该修复剂包覆层采用层层包覆的形式包覆于农作物种子外侧，与农作物种子在播种的同时施加于土壤中，简化了修复剂的施加工艺，修复剂存在于农作物根系周围提高了修复剂的利用效率；将该修复剂包覆的小麦种植于重金属镉污染的土壤，收获的小麦中重金属镉的含量低于食品中污染物限量标准，小麦中镉的降低率达到了76%以上，且土壤中有效态镉钝化率达到了92%以上。