本发明属于微生物采油领域，具体涉及一种活跃边底水稠油油藏微生物吞吐注剂的评价方法。该方法具体包括以下步骤：注剂的初步评价，注剂的初步评价的指标为微生物激活效果评价、表面张力改变效果评价、界面张力改变效果评价；注剂的综合评价，注剂综合评价的指标为原油剥离效果评价、多孔介质通过性评价、开发效果评价；根据注剂的综合评价结果，筛选出的2‑3组的注剂配方进行物模评价；注剂的物模评价，通过注剂的物模评价，筛选出最终的注剂配方。本发明筛选得到的微生物吞吐注剂能够有效地提高活跃边底水油藏吞吐实施的成功率和现场试验效果，实施成功率提高50个百分点，平均日增油达到12.0t以上，投入产出比大于1∶10。