本发明属于微生物采油技术领域，具体涉及一种边底水稠油油藏水平井微生物吞吐方法。所述的方法包括：(1)水平井水淹段开采阶段，利用嗜烃菌与水淹段原油的作用，提高水淹段原油产量。(2)水平井水淹段堵水阶段，利用产生物聚合物菌代谢产生的生物聚合物封堵水淹段。(3)水平井非水淹段开采阶段，利用产生物表面活性剂菌代谢产生的生物表面活性剂与非水淹段的原油、地层水和岩石的综合作用，实现提高非水淹段原油的产量。本发明针对水平井不同层段原油性质以及分布情况选择不同的功能微生物或激活剂，并分阶段进行有序开采，从而有效地实现水平井全井段高效开采。单井増油500t以上，投入产出比大于1:15。