一种用于车道变换控制的侧向轨迹追踪方法及系统中，处理单元根据惯性测量单元在当前时间点测量的车辆速度、角速度和加速度估算出车辆在未来单位时间内的纵向位移量、侧向位移量及方位角偏移量；根据车道侦侧模块估算出车辆在当前时间点的位置的当前位置数据；根据估算出的所述当前位置数据、所述纵向及侧向位移量、所述方位角偏移量，通过坐标转换将车道变换辅助系统估算出相对于车辆在当前时间点的位置的参考车变换轨迹曲线所含的参考侧向轨迹曲线转换成相对于车辆在未来单位时间点的位置的侧向轨迹曲线；及根据加速度门槛、急跳度门槛及所述侧向轨迹曲线产生目标侧向轨迹曲线。借此，能有效避免因转向控制命令的急遽变化所导致的车辆跳动现象。