本发明公开一种相位编码信号生成方法及系统，该方法包括：基于给定的序列长度和环境参数，通过一组基矩阵构建周期自相关旁瓣值优化模型；通过目标矩阵的替代矩阵更新优化模型以对优化变量进行降阶，并获得序列变量与优化变量之间的映射关系；根据所述映射关系对所述优化模型进行迭代以实现对序列变量的优化，在自相关旁瓣值达到阈值时停止，并输出优化序列作为相位编码信号序列。解决现有技术中连续主动声呐相位编码信号在强海洋噪声背景下自相关旁瓣过高等问题，实现对自相关函数特定时延区间旁瓣的抑制，得到在特定探测距离上具有优秀周期自相关性的相位编码信号，为主动声呐信号设计提供了一种快速有效的实现方案。