本发明公开了一种水超分子马达的制备方法，其包括如下步骤：S1，利用低温导电银胶将高定向裂解石墨粘到导电金属板上，除气，然后在温度为90~110K的条件下利用微漏阀将水分子原位沉积到高定向裂解石墨表面，自组装形成水团簇和水分子链；S2，将吸附有水分子的石墨样品移入扫描隧道显微镜中，工作环境为超高真空，温度为77 K，将扫描隧道显微镜的针尖置于水团簇上方，施加一个电压脉冲将隧穿电子注入到水团簇中，形成负电水团簇；S3，负电水团簇通过静电作用吸引一个水分子链，水分子链在隧穿电子的驱动下围绕负电水团簇做顺时针或逆时针转动，得到以负电水团簇作为定子、水分子链作为转子的水超分子马达。其能够实现在固体表面制备水超分子马达。