本发明公开的一种超分子肌肽和含有超分子肌肽的组合物及其制备方法与应用，所述超分子肌肽由乙酰基肌肽与脱羧肌肽盐酸盐、肌肽中的一种或两种通过氢键结合形成；其中，所述脱羧肌肽盐酸盐、乙酰基肌肽、肌肽的摩尔比为(0‑10):(1‑10):(0‑14)。利用肌肽衍生物结构之间的超分子作用合成的超分子肌肽，具有抗糖化功能；当将其与保护剂与辅料进行搭配，再结合原料的稳定性、作用靶点、协同作用等方面进行复配考虑，可以多维度提升原料的生物利用度，且更稳定的发挥抗糖化效果；当将含有超分子肌肽的组合物应用于剂型化妆品时，具有稳定性好、安全温和、抗糖化功效专一持久且效果明显的优点。