本发明公开了一种超分子组合物及其制备方法与应用，该超分子组合物包括蛋白质衍生物、阳离子调理剂、中草药提取物；蛋白质衍生物包括水解大豆蛋白、水解小麦蛋白、水解大米蛋白、水解豌豆蛋白；阳离子调理剂包括硬脂酰胺丙基二甲胺、硬脂基三脂基氯化铵中的至少一种；中草药提取物包括雷公根提取物、马齿苋提取物、甘草提取物、金缕梅提取物、母菊花提取物中的至少一种。本发明提供的超分子组合物可以定向修复受损发丝，同时可以缓解头皮敏感问题；该超分子组合物的制备方法简单快捷，条件温和，绿色安全，具有可工业化大批量生产的优点；采用该超分子组合物制备的化妆品具有优异的舒缓头皮或修复发质的效果。