本发明公开了一种针对富营养化水体的水生态系统的治理方法，包括以下步骤：1)清除鱼类；2)投加硅酸盐类复合水溶液；3)对目标水域进行多种挺水植物种植；4)对目标水域进行多种浮叶植物种植；5)对目标水体水域进行沉水植物群落构建；6)鱼类种群结构初步构建工程：对目标水域实施放养对藻类、对杂鱼进行控制的鱼种；7)对目标水域选择底栖动物，选取在目标水域水面进行人工投放；8)投放食草性控制鱼类，实现对沉水植物的基本控制；9)投放鳜鱼和/或翘嘴鲌。本发明投入小、见效快，具备长效使用的工作基础；2、不污染环境，环境友好、可以长期使用；3、使用范围广，可应用于池塘、湖泊、景观水体、水库等，不受到水域面积的限制。