本发明涉及一种高盐高硝工业废水处理方法及系统，所述处理方法包括前处理中和除盐、电还原除硝氮、氯气吸收除氨氮和电氧化产氯步骤，使得处理水样在各步处理程序之间既顺序流转又相互耦合，提出了两套借助三个特性循环—钠循环、氯循环和碱循环来解决高盐高硝工业废水治理的处理系统；并提出了一系列判据参数、标准、方法和三个控制方程，从参数控制方面定量指导有关药剂的按需添加、配制和精准投放，从而实现了处理水样在每一步骤的有效处理和在各步处理程序之间的顺序协调稳定流转，既保证了除硝任务的完成，又可充分利用和消纳转化过程的过剩产碱能力，还可避免药剂过量使用和浪费，同时又能做到对最终出水次氯化物含量的最大限制。