本发明公开了一种水稻用包膜缓释肥料及其制备方法和应用，属于肥料技术领域。本发明在传统的缓释肥料中引入了嗜酸细小链孢菌，微生物菌剂一方面能够有效增强水稻对水稻纹枯病的抗感染能力，另一方面其自身可利用颗粒肥料中的磷酸一铵、尿素、硫酸钾、硫酸镁等进行发酵，发酵的进行改善了硅藻土的形态，由于发酵产生的气体使得硅藻土内部出现气孔从而显得更蓬松，使得磷酸一铵等颗粒肥料组分可以被滞留在气孔内；微生物菌剂和包膜缓释肥料中其他原料的有效组合，并通过合适的制备方法可以实现微生物菌剂稳定存在包膜缓释肥中并保持活性，试验表明，本申请的包膜缓释肥料可以有效减缓肥料养分的释放且防治水稻纹枯病的感染。