本发明公开了一种化工园区重污染河道治理系统及河道生态修复方法，河道治理系统包括河岸以及由两侧壁和底部组成的三面光河道，位于所述三面光河道两河岸沿水流方向设置若干个渗水井，所述渗水井包括通过若干个收集管依次连通的多级渗水井，位于起始端的渗水井为一级渗水井，位于末端的渗水井为末端渗水井；还包括与末端渗水井通过收集管连通的集水井；所述收集管的标高沿水流方向依次降低，用于将渗水井中的水逐级排至集水井。该河道治理系统保障了下游水质安全，同时避免了由于阻隔带来的地下水压力，并可以进一步通过在河道中栽种沉水植物和挺水植物，构建生境，能够有效地实现河道生态修复。