本申请涉及河道治理的技术领域，尤其是涉及一种河道生态治理系统及方法，包括沿河流主体流向设置在河流主体两侧的生态保留区，所述生态保留区与河流主体之间设置有隔墙坝，所述隔墙坝在位于河流主体上下游的两端均设置有过水口，所述过水口处设置有可打开或闭合的闸门，所述生态保留区内培养有水生生物。本申请通过预先在小区域内培育水生生物的形式，这样能够更及时地稳定受破坏的河道内生态平衡，减轻了河道内生态环境的恶化速度和程度。