本发明公开了一种应用于河道及湖水的生态治理系统及治理方法，其中，应用于河道及湖水的生态治理系统包括：生态治理区，所述生态治理区按既定需求水域围设而成；水质活化单元，所述水质活化单元安装于生态治理区内，用于改善水质，增加推流，调节水中溶解氧分布曲线；生物抑藻剂，所述生物抑藻剂投入生态治理区内，用于将浮于水面上的藻类沉降到水底，抑制藻类的光合活性，停止藻类的繁殖；复合生物菌群，所述复合生物菌群投入生态治理区内，抑制微囊藻、消除水华，提高污染物的生物降解速率。