本发明公开了一种pdf文件的加密方法，包括以下步骤：解析pdf文件的文件尾，以获取交叉引用表的位置；根据交叉引用表的位置，将交叉引用表从pdf文件中提取出来，并用随机内容对pdf文件中的交叉引用表进行替换，以得到密文；基于交叉引用表与随机内容生成密钥；以及将密钥上传至密钥服务器。本发明还公开了一种计算机设备和可读存储介质。本发明通过分析pdf文件的结构，将交叉引用表作为最关键信息替换出来作为密钥，文件将无法正常阅读。并且通过暴力破解与文件自身内容有关的交叉引用表是无法实现的，这种加密技术，结合密钥管理服务器，可以大大提高pdf文件的安全性和可靠性。