本发明提出了一种文件加密方法及系统，其中，方法包括：将待加密文件划分为多个数据块；为每个数据块分配标记，并基于标记确定每个数据块的位置坐标；根据预设规则及对应的位置坐标将每个数据块规则化为第一字符串；获取随机秘钥，通过随机秘钥再次加密第一字符串以获得第二字符串；生成加密文件，将多个第二字符串随机排序并保存到加密文件的文件体，将用于文件数据还原的特征字段保存到加密文件的文件数据头。本发明的有益效果包括：本发明方法提出的文件加密方法简单可靠，便于用户利用上述方法实现文件加密且易于维护管理。