本发明属于计算机应用技术领域，提供了一种基于同态加密的多关键词文件加密检索方法及系统。其中，该方法包括数据拥有者根据原文件生成若干文档向量，将其转换为相应整数，使用同态加密算法对每个整数加密，得到密文文档向量并上传至云服务器；数据拥有者生成自己的密钥，加密文件并上传至云服务器；数据使用者根据检索关键字生成检索向量，使用同态加密算法将检索向量转换为密文检索向量并发送至云服务器；云服务器逐一比对密文检索向量与密文文档向量，将相同向量的权重相乘且累加计算出相关性分数，找出拥有最大相关性分数的若干份文件，并将这些文件返回给数据使用者。