本发明公开了一种基于深度学习的泪膜破裂时间检测系统，包括计算机存储器、计算机处理器以及存储在计算机存储器中并可在计算机处理器上执行的计算机程序，计算机存储器中存有训练好的分类模型和干燥斑分割模型，计算机处理器执行计算机程序时实现以下步骤：将拍摄的泪膜破裂时间检查视频提取出所有帧后输入分类模型，输出每帧图像的分类标签，形成一个0/1序列；提取序列中3～5段睁眼段作为检测段；将每个检测段分别输入干燥斑分割模型进行分割预测，记录每个检查段中首次出现干燥斑的帧的位置，计算出每个检测段的泪膜破裂时间，最后取平均值作为待测者的整体泪膜破裂时间。利用本发明，可以提高计算机辅助诊断干眼症的适应性和准确率。