本发明公开了一种复杂结构箱体的自动打磨方法，所述方法包括如下步骤：步骤S1：通过自动导向安装机构将复杂结构箱体放置于工位，工位上的自动化夹具将复杂结构箱体夹紧；步骤S2：将复杂结构箱体送至自动扫描工位，在复杂结构箱体的扫描点贴上标志点；步骤S3：扫描仪对复杂结构箱体的一个面进行扫描，箱体翻转180°，扫描复杂结构箱体的另一个面，得到复杂结构箱体的外轮廓数据；步骤S4：将复杂结构箱体送至机器人打磨工位，计算机根据复杂结构箱体的外轮廓数据生成打磨轨迹；步骤S5：机器人沿着打磨轨迹对箱体进行自动打磨。本发明解决了当前复杂结构箱体人工打磨质量稳定性差、效率低、环境恶劣和劳动强度大的问题。