本发明涉及一种基于水下磁扰动信号的双基定位探测系统及方法，属于水下仪器设备领域，该装置包括套设于设立于基准轴一侧的固定探测结构以及安装在该结构中心的三轴磁场分量测量系统，测量系统主要包括三轴磁场分量测量仪以及信号传输线构成，固定探测结构内部设有缺口作为测量系统的工作空间。基准轴另一侧设有旋转盘结构，该结构内部由用于放置三轴磁场分量测量仪的缺口和用于放置导线的导线槽，旋转盘整体与基准轴用旋转轴连接。本发明利用旋转盘实现双基可变角度探测，极大的改善了单基探测系统在实际测量中存在的死区问题，具有结构简单、安全可靠、便于安装维护等有点。