本发明公开了一种数据完整度合并系统，属于互联网技术领域，包括存储模块，其特征在于：还包括合并模块和完整度评估模块，所述合并模块，先建立UDP和TCP的四元组流表，相同会话的数据包通过四元组和协议标识放到同一个会话里进行合并，把全部流量的合并简化为单个会话的合并；再对全包进行MD5计算，以MD5值进行去重的判断；完整度评估模块，通过加权计算整个事件范围内所有有效TCP会话的完整度来估算整体流量的完整度。本发明能够对不同采集点不完整的数据进行去重补缺，进行集中的合并，能够对合并前的流量和合并后的流量进行完整度评估并以百分值显示，数据合并能够持续化进行。