本实用新型公开了一种多功能医疗器械清洗设备，包括清洗头、放置箱和毛刷清洗装置，所述清洗头设置在放置箱的外侧，且清洗头通过密封软管与放置箱密封连接，所述毛刷清洗装置安装在放置箱的内部，且毛刷清洗装置与放置箱转动连接，所述清洗头包括清洗握把和多功能清洗头，所述多功能清洗头安装在清洗握把的头部，本实用新型通过对传统的医疗器械清洗设备结构加以改进，设计出一种便于使用的对医务工作者经常使用的小型医疗器械进行快速的清洗，可以对医疗器械进行水枪喷刷、超声波清洗和多层次毛刷刷洗的目的，有效的实现了对医疗器械表面污渍、深层污渍和长期残留污染物的清洗。