本实用新型适用于医疗废物处理技术领域，提供了一种医疗废物双介质等离子体消毒灭菌装置，包括第一灭菌组件、输送组件和第二灭菌组件，所述第一灭菌组件包括灭菌釜、釜盖、进料管、次氯酸注液管、木酢酸注液管、第一搅拌电机、第一搅拌杆和排料管，所述釜盖与所述灭菌反应釜可拆卸连接，且位于所述灭菌反应釜的顶端，所述进料管与所述釜盖固定连接，且贯穿于所述釜盖，通过设置次氯酸注液管和木酢酸注液管，可以将氯酸和木酢酸注入灭菌反应釜的内腔，从而对灭菌反应釜的内腔的医疗废物进行初步消毒，避免完全利用等离子体对医疗废物进行灭菌造成的灭菌成本较高的问题。