本实用新型涉及一种车载净化器的控制系统，所述车载净化器的控制系统包括：车辆蓄电池、电源管理模块、主控制器、电子开关和净化器；其中，所述车辆蓄电池通过所述电子开关与所述净化器电连接；所述电源管理模块与所述主控制器电连接，所述主控制器还与所述电子开关电连接；所述电源管理模块用于检测所述车辆蓄电池的输出电压值，并根据所述输出电压值控制所述车辆蓄电池为所述净化器供电，保证所述净化器的运行。本实用新型实现了在保证车辆能够正常点火启动的情况下，最大程度的延长净化器在车内的工作时间，有利于车内空气始终处于洁净状态，保护用户身体健康。