本实用新型涉及微生物菌群技术领域，且公开了一种微生物菌群连续筛选装置，包括安装底座、驱动机构、第二筛选机构、传动机构、进料筒、第一筛选机构、固定板、箱体、出气管、连接管、风机、连接块、进气管、壳体、合页、活动板、密封块、收尘极和放电极，所述安装底座的顶部转动连接有驱动机构，所述驱动机构与传动机构活动连接，所述安装底座与第二筛选机构活动连接，所述第二筛选机构与驱动机构相接触，所述传动机构与进料筒活动连接，所述进料筒与第一筛选机构固定连接。该微生物菌群连续筛选装置，实现了可以有效除尘的目的，将灰尘清理完毕之后，再进行筛选作业，可有效的降低灰尘对筛选的负面影响。