本实用新型公开了胃肠道菌群取样装置，包括活动箱，所述活动箱的左侧连通有取样管，所述取样管的左侧连通有取样头，所述取样管的内腔设有活塞，所述活塞的右侧设有连接杆，所述连接杆的右侧贯穿取样管和活动箱并延伸至活动箱的内腔，所述连接杆的右侧设有移动板。本实用新型通过活动箱、取样管、取样头、推杆、拉杆、把柄、活塞、连接杆、滑槽和移动板相互配合，可在胃肠道菌群在取样时，对胃肠道菌群起到便于取样的作用，避免了目前市场胃肠道菌群在取样时，都是工作人员手动进行取样，但是，工作人员在手动取样时，每次只能少量取样，且取样胃肠道菌群不精准，从而导致后期胃肠道菌群检查效果不好的状况。