本实用新型公开了一种肠道消化菌群取样检测装置，包括本体，本体的上端连接有进液管和电机，本体内设有储液室和搅拌室，储液室的下侧壁设有潜水泵，潜水泵的输出端延伸至储液室的外侧壁，搅拌室设在储液室的一侧，本体上设有伸缩孔，伸缩孔的下端设有套筒，套筒与搅拌室连通，搅拌室的内部上侧壁连接有液压缸一，液压缸一的一端伸出套筒设有棉球，电机的输出端连接有转轴，转轴设在搅拌室的内部，转轴上连接有搅拌叶，搅拌室的内侧壁设有菌群检测模块，菌群检测模块的下方设有出液口。本实用新型与现有技术相比的优点在于：只需要伸出液压缸一讲棉球蘸取被检测的粪便即可取样，在控制液压缸一即可将取样的棉球进行收起来，取样的过程较为简便。