一种应用沉水植物的黑臭水体治理系统，包括：第一透水拦截墙、第二透水拦截墙、位移组件、驱动组件以及种植容器。本实用新型中的两面透水拦截墙与河道的两岸共同围成缓流腔，在缓流腔中的位移组件在驱动组件的驱动作用下，能够带动种植容器产生竖直方向上的位移，使盛装沉水植物的种植容器位于黑臭水体的液面上或液面下。种植容器位于缓流腔中与黑臭水体的充分接触，同时，种植容器可以位于黑臭水体的液面上或液面下。以上结构可以有效防止沉水植物长时间处于黑臭水体的较深处，保证沉水植物有足够的光合作用，使沉水植物能够长期生长。