本实用新型公开了一种种子清洗装置，包括底座，所述底座顶壁上从左到右依次并列固定有输水装置、第一清洗箱、第二清洗箱和第三清洗箱，所述第一清洗箱、第二清洗箱和第三清洗箱中间均水平固定有滤板，所述滤板使第一清洗箱、第二清洗箱和第三清洗箱均分隔为上腔体和下腔体，所述第一清洗箱、第二清洗箱和第三清洗箱的上腔体内均设有搅拌装置。通过第一清洗箱、第二清洗箱和第三清洗箱分三级对种子进行清洗，种子不易造成堆积，清洗较均匀，且种子可以经过三次清洗，清洗更干净；在清洗过程中，种子在上腔体内，种子中的杂物从滤板落入下腔体，在清洗的同时将种子中的杂物排出，节省工序，提高工作效率。