本实用新型公开了一种船舶废气清洁控制系统，包括控制单元以及受控于控制单元的废气处理单元，废气处理单元包括脱硫塔、烟囱以及用于对脱硫塔内的残渣进行处理的残渣处理单元，船舶废气依次进入静电除尘器、脱硫塔以及烟囱，残渣处理单元包括：带式压滤机；用于将脱硫塔内的残渣抽送至带式压滤机内的渣浆泵；用于溶解带式压滤机的滤液的调节水池；用于将调节水池内的水体抽送至脱硫塔内进行重复利用的补水泵。控制效果好，降低操作员的劳动强度。本实用新型中任一系统条件波动，系统实现自动纠正，快速使设备恢复正常工作；出现异常时，系统第一时间发现，并快速响应，大大提高了系统的安全性。