本实用新型公开了一种分层式运河生物孵化床，包括底座和存放机构，所述底座的底面两侧均安装有底脚，且底座的外侧设置有固定板，所述底座的上方安装有外壳，且外壳的两侧均设置有气垫，所述存放机构位于外壳的内部，且存放机构与外壳之间设置有滑块，所述存放机构的两侧均安装有温度控制器，且温度控制器的上方设置有挡板，所述外壳的上方安装有顶盖。该分层式运河生物孵化床设有滑块和存放机构，通过滑块在外壳中的滑动，能够将存放机构滑出，便于对存放机构进行清理，利用两侧流水口的注水和排水，便于对存放机构进行换水，通过滤网架将滤网从存放机构中取出，滤网可将存放机构中的泥沙裹住，从而便于使用者清理存放机构中泥沙。