本实用新型提供了一种摩托车控制器引出线束的防水结构，属于控制设备的技术领域。一种摩托车控制器引出线束的防水结构包括分区且隔离设置于壳体上的信号线束引出部、动力电源线束引出部以及相位线束引出部；本实用新型采用分区和隔离的方式，提高了抗干扰性，且采用过盈配合进行连接，提高了密封防水效果；还将密封胶塞上的小孔设有锥形结构，能适应线束的使用环境变化时的密封防水需求；还设置带锥度的斜面的壳体，增大了与密封圈的接触面积，增强防水效果；还设有填充件等结构实现进一步密封防水；另外，沿一方向套设即可组装，装配效率更高，同时，避免了设置连接端子等结构带来的连接电阻大且连接不良的问题，装置可靠性更高，结构更合理。