本实用新型公开了一种软体厌氧发酵系统，属于沼气技术领域，其结构包括：位于地面以下的发酵池、软体膜、进料池和出料池，其中：所述发酵池内铺设HDPE土工膜，所述发酵池的两侧分别设有进料池和出料池，所述进料池和出料池分别经进料管和出料管连接发酵池，所述发酵池的顶端密封固定软体膜和调节软体膜，所述软体膜包括上软体膜和下软体膜，所述上软体膜和下软体膜之间组成气囊，所述调节软体膜位于软体膜内部，所述调节软体膜的底边与发酵池内部的HDPE土工膜密封连接。本实用新型不会受刮风等气候的影响，使用寿命长，可以自动调节发酵空间，使用范围广。