本实用新型涉及成像系统领域，特别涉及一种基于方形微通道切片器件的双能物质识别成像系统，平板探测器位于栈堆后侧，平板探测器和计算机处理系统连接；栈堆包括多片方形微通道切片，单片方形微通道切片由多根方形玻璃单管组成，通道单元为正方形；栈堆的主体侧面为二次曲线构造，多片叠加实现对X射线传输方向的调控以及对X射线能量的选择；栈堆的盒底部内有传送带，传送带由计算机处理系统控制。本实用新型栈堆作为能量选择波导，在低能探测周期移动至透射成像光路中，在高能探测周期移出光路，设备更加便携；能量选择器件栈堆的移动，使得X光管能够以恒定功率运行，不需周期性调整输出功率，设备的检测速率和寿命得到提升。