本实用新型公开了一种全自动移液管清洗装置，该装置包括储水箱，储水箱的上方安装有圆筒，圆筒的底部设有密封连接的固定圆盘，固定圆盘上开有出水孔和进水孔，固定圆盘上的出水孔连接出水导管，出水导管伸入储水箱内并与储水箱形成固定连接，固定圆盘上的进水孔连接进水支管，进水支管与进水总管的一端相连接，进水总管的另一端与安装在储水箱上方的微型水泵出口相连接，微型水泵进口与三通阀的一个阀口相接，三通阀的另两个阀口分别连接外接进水管和内接进水管，外接进水管的另一端接外部水源，内接进水管的另一端伸入储水箱中，储水箱的底部设有排水阀。本实用新型结构简单，可以实现多个不同体积移液管的同时快速循环清洗，清洗彻底，换水便利。