本实用新型提供的一种超导磁体屏蔽层结构，包括屏蔽筒体以及两个屏蔽封头，屏蔽筒体包括内衬套筒、套设在内衬套筒外的外衬套筒以及填充设置在外衬套筒与内衬套筒之间的夹芯层，两个屏蔽封头设置在屏蔽筒体的两端。本实用新型还一种磁共振系统，包括超导线圈以及真空容器，所述真空容器包括超导磁体屏蔽层结构。该方案相对于现有技术，屏蔽筒体上的夹芯层能够将超导磁体产生的热量快速的散发，同时夹芯层具有低导电率，以截断超导磁体的电传导，从而当该超导磁体屏蔽层结构暴露于交变磁场时，由于超导磁体屏蔽层结构的电阻率以及导热率明显增大，因此可显著地减少涡流的产生，避免因涡流对超导磁体所生产的磁场均匀度的影响，提高了成像质量。