本实用新型公开了一种蛋白亲和层析柱桶清洗装置，包括底板，底板的上表面左右两端均固定焊接有竖板，竖板的顶端固定焊接有顶板，顶板的上表面左侧通过螺栓固定安装有增压水泵，增压水泵的出水口通过管道与集水盘相连通，伺服电缸的输出端头上通过螺栓固定安装有清洗圆桶，清洗圆桶的内圆周面和圆柱的外圆周面上均固定粘结有刷毛，不锈钢轴承座上通过第一转轴转动连接有支撑板，电机的输出轴上通过联轴器传动连接有第二转轴，第二转轴的底端固定焊接在支撑板的上表面上，支撑板的左右两端均设置有两个手动夹持机构。本实用新型使得蛋白亲和层析柱桶清洗的更加干净，可快速地调换工位，增加蛋白亲和层析柱桶的清洗效率。